小规模纳税人减免的增值税应该在进项税额中扣除，然后在销项税额中抵扣，最终减免的部分应当单独列明。
对于享受增值税免征优惠政策的小规模纳税人来说，应该如何做账呢？首先，应该将减免的部分计入进项税额中，即在发生进项税时扣除。其次，在销项税额中抵扣减免部分。最后，为了方便记账和复核，应当单独列明减免的部分，并加以注明。具体来说，做账的步骤如下：1. 将享受减免的发票按规定登记入账；2. 在计算应纳税额时，应将享受减免的金额计入进项税额，扣除增值税专用发票中可以抵扣的税额；3. 在开具销项税发票时，将享受减免的金额作为已交税额予以抵扣，以此减少应纳税额；4. 在记账时，应当将享受减免的部分单独列明，并在备注栏中注明减免的税率和金额。
小规模纳税人享受增值税减免政策后，如何开具和填写销售发票？小规模纳税人享受增值税减免政策后，在开具和填写销售发票时，应该注意以下几点：1. 在填写发票金额时，应将享受减免的金额单独列出，以便复核；2. 在备注栏中注明享受减免的税率和金额；3. 在抬头部分注明“小规模纳税人免征增值税”，并签章确认。
对于小规模纳税人来说，掌握正确的做账方法非常重要，可以有效避免不必要的税务风险。因此，建议小规模纳税人在日常经营中认真审查各项税务事项，及时了解相关政策和法规，并咨询专业人士的意见。
法律依据：
《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》一、小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过10万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过30万元，下同）的，免征增值税。小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过10万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过10万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。二、适用增值税差额征税政策的小规模纳税人，以差额后的销售额确定是否可以享受本公告规定的免征增值税政策。《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》中的“免税销售额”相关栏次，填写差额后的销售额。
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